หลวงปู่เนียมสั่งฟ้าหยุดฝน ห้ามตกในวัด แต่ภายนอกยังมี ฟ้าคะนอง น้ำท่วม อัศจรรย์จริงๆ
วันหนึ่งหลวงปู่เนียมเอ่ยปากขอสำรับเพลจากชาวบ้านแถบนั้นจำนวน ๕๐ สำรับโดยไม่ได้บอกว่าจะทำอะไรที่ไหน เพียงแต่ท่านพูดแล้วอมยิ้มน้อยๆ ว่าถึงคราวแล้วรู้เอง ครั้นใกล้จะถึงเวลาเพล สำรับที่ขอชาวบ้านไว้ก็ค่อยๆ ทยอยมาสู่วัดครบตามจำนวนที่ขอไว้อย่างพร้อมเพรียง แต่ชาวบ้านมองไม่เห็นว่าจะมีอะไรผิดปกติ ใครจะมาจากไหนหรือไม่เห็นมีวี่แวว
แต่พอกลองเพลดังลั่นขึ้นเท่านั้น ท่านอาจารย์ปาน วัดบางเหี้ย ซึ่งขณะนั้นก็เป็นผู้มีชื่อเสียงโด่งดังอยู่เหมือนกัน พาภิกษุมารวม ๕๐ รูป เดินทางมานมัสการหลวงพ่อโต วัดป่าเลไลยก์ พอเดินทางมาถึงหน้าวัดน้อย ปรากฏว่าเกิดพายุขึ้นอย่างปัจจุบันทันด่วน เป็นที่ผิดปกติ ท่านอาจารย์วัดบางเหี้ยจึง พูดกับพระที่มาด้วยกันแล้ว
‘เอ เห็นจะต้องแวะที่วัดนี้เสียแล้ว เจ้าของท้องที่เขาเชิญให้แวะ ไม่ควรขัดศรัทธา’
จึงสั่งให้เรือจอดที่ท่าวัดน้อยแล้วพาภิกษุทั้งหมดขึ้นไปบนวัด ก็ได้รับการต้อนรับจากหลวงพ่อเนียมด้วยการถวายเพลแก่อาจารย์วัดบางเหี้ยและภิกษุทุกรูป
ในงานทำบุญคล้ายวันเกิดของท่าน ชาวบ้านจัดงานใหญ่โต มีแสดงพระธรรมเทศนาแจง ๕๐๐ พร้อมด้วยมหรสพสมโภชหลายอย่างร้านค้าขายตั้งเต็มลานวัด คาดว่างานแซยิดของท่านคงจัดขึ้นในราว พ.ศ. ๒๔๔๕ เพราะผู้เล่าเรื่องนี้คือ ลุงเปล่ง สุพรรณโรจน์ เล่าขณะที่ลุงเปล่ามีอายุ ๘๔ ปี บอกว่าปีนั้นลุงเปล่งมีอายุเพียง ๑๘ ขวบ ดังนั้น พ.ศ. ทำบุญงานแซยิดของท่านประมาณ พ.ศ.๒๔๔๕
ค่ำวันนั้น ปรากฏว่าเมฆดำทมึนมาทางทิศตะวันตกเฉียงใต้ ฝนตั้งเค้า พายุพัดตึงบอกลักษณะว่าฝนจะตกลงมาอย่างแน่นอน ยิ่งกว่านั้นฝนยังได้ลงเม็ดมาปรอยๆ บ้างแล้ว ร้านค้าขายต่างกุลีกุจอเก็บข้าวของเตรียมหนีฝน กันจ้าละหวั่น วุ่นวายไปทั่วทั้งลานวัด คนที่มาเที่ยวต่างก็หลบฝนเข้าไปในใต้ถุนกุฏิ และที่หอฉันเต็มไปหมด ในขณะที่กำลังอลหม่านกันนั้นเอง หลวงพ่อเนียมเดินลงมาจากุฏิร้องบอกว่า
‘ไม่ต้องเก็บไม่ต้องเลิก มหรสพเล่นต่อไป ของขายต่อไป ที่นี่ไม่มีฝน ฝนไม่ตกที่นี่’
แล้วท่านเดินไปหยุดที่หน้ากุฏิของท่าน มองขึ้นไปเบื้องบนท้องฟ้า แล้วเดินไปเดินมา จริงเหมือนดังคำประกาศิต ฝนตั้งเค้าและท่าจะตกลงมาอย่างหนักนั้นหาได้ตกลงมาภายใน บริเวณวัดไม่มีเพียงละอองฝนปรอยๆ เท่านั้น แต่เมื่อมองออกไปนอกวัดจะเห็นฝนตกลงมาอย่างรุนแรง ทั้งตกอยู่นานอักโขอยู่ พองานเลิกทุกคนต้องเดินลุยน้ำขนาดครึ่งหน้าแข้ง
การถ่ายรูปหลวงพ่อเนียมเล่ากันว่าถ่ายไม่ติด ครั้งหนึ่งมีช่างแผนที่มาทำการออกโฉนดที่ดินที่จังหวัดสุพรรณบุรี พระประมาณฯ เป็นหัวหน้าพร้อมด้วยฝรั่งสองคนเป็นผู้ช่วย ทราบเสียงเล่าลือว่าการถ่ายรูป หลวงพ่อเนียมนั้นถ่ายไม่ติด พระประมาณฯ กับฝรั่งนั้นต้องการพิสูจน์ความจริง ตามเสียงที่เล่าลือกันจะเป็นความจริงเพียงใด จึงไปที่วัดน้อยแล้วนิมนต์พระทั้งวัดมานั่งถ่ายรูปพร้อมด้วยหลวงพ่อเนียม เมื่อเอาฟิล์มไปล้างปรากฏว่าไม่มีรูปหลวงพ่อเนียมอยู่ในกลุ่มนั้นจริงๆ พระประมาณฯ กลับมาทดลองถ่ายอีกโดยขอให้หลวงพ่อเนียมเดินไปที่โอ่งน้ำมนต์ ถ่ายขณะที่หลวงพ่อกำลังเดินไปและขณะอยู่ที่โอ่งกำลังทำน้ำมนต์ ก็ไม่ติดอีกเป็นที่น่าอัศจรรย์ยิ่งนัก
น้ำมนต์ของท่านไม่เฉพาะแต่น้ำมนต์ในโอ่งเท่านั้น ที่ท่าวัดของท่านก็เป็นน้ำมนต์เช่นเดียวกัน ครั้งหนึ่งมีจีนคนหนึ่งชื่อ “โต้ผ่วย” อยู่แถววัดโพธิ์คอย ซึ่งไม่ไกลจากวัดน้อยเท่าใดนัก มาขอน้ำมนต์จากหลวงพ่อเนียม ท่านบอกเจ๊กโต้ผ่วยให้ไปตักเอาเองซิ อยู่ที่ท่าน้ำนั่นไงเล่า
เจ๊กโต้ผ่วยไปตักน้ำมาแล้วเอามาให้ท่านหลวงพ่อบอกให้จุดธูป พอจุดเสร็จท่านบอกกับเจ๊กโต้ผ่วยว่าเสร็จแล้ว เจ๊กโต้ผ่วยมองหน้าหลวงพ่อเนียมเป็นเชิงสงสัย และนึกฉุนตะหงิดๆ ขึ้นมาในใจ อะไรกัน ไม่เห็นหลวงพ่อท่านบริกรรมคาถาเลยแม้แต่คำเดียว จะเป็นน้ำมนต์ได้อย่างไร แต่จะไม่เอาไปก็ไม่ใช้ที่ จึงเอาไปอย่างไม่เต็มใจ
เมื่อออกไปนอกวัด เจ๊กโต้ผ่วยรำพึงขึ้นอย่างแค้นใจ “เอาไปทังลายล้ำท่าเท้ๆ ” ว่าแล้วก็คว่ำขวดโหลใบที่ใส่น้ำมนต์มา แปลกอะไรเช่นนั้น! น้ำมนต์ในขวดโหลหาได้ไหลออกมาไม่! บังเอิญพลัดหลุดมือแตกเป็นเสี่ยงๆ น้ำมนต์ในขวดโหลแทนที่จะเป็นน้ำเหลว กลับกลายเป็นก้อนน้ำแข็ง!! เจ๊กโต้ผ่วยตกใจรีบตาสีตาเหลือกเก็บก้อนน้ำแข็งนั้นใส่ภาชนะอื่นทันที นึกแปลกในใจว่าทำไมน้ำนั้นจึงแข็งได้ พอนึกถึงอภินิหารของหลวงพ่อเนียมเข้า ก็ยกภาชนะนั้นขึ้นทูนหัวพร้อมกับกล่าวขออภัยในใจ ที่หมิ่นหลวงพ่อและเอาก้อนน้ำแข็งน้ำมนต์นั้นไปเก็บไว้จนละลาย
เจ้านายถึงจะมียศถาบรรดาศักดิ์ใหญ่โตสักเพียงใดก็ตาม ถ้าจะไปขออาบน้ำมนต์ ท่านจะบอกให้ไปอาบที่ท่าวัดเหมือนกันทุกๆ คน ครั้งหนึ่งพระยาศิริชัยบุรินทร์ (ทองสุก) ปลัดเทศาภิบาลมณฑลนครไชยศรี มาตรวจราชการที่จังหวัดสุพรรณบุรี ทราบกิตติศัพท์ของหลวงพ่อเนียม ท่านจึงอยากจะมาขอพรและขอให้หลวงพ่ออาบน้ำมนต์ให้ ดังนั้นตอนเย็นวันหนึ่งพระยาศิริชัยบุรินทร์ว่างงานจึงไปหาหลวงพ่อเนียม ให้ข้าราชการผู้หนึ่งเข้าไปพบหลวงพ่อบอกถึงความประสงค์ว่าจะขออาบน้ำมนต์ หลวงพ่อเนียมบอกไปอาบที่ท่าวัดก็ได้ เป็นน้ำมนต์เหมือนกัน เมื่อโดนเข้าอีไม้นั้น ในฐานะนักปกครองผู้มีจิตวิทยาสูง จึงจำต้องแสดงออกซึ่งความเคารพคำของหลวงพ่ออย่างจริงใจ เดินตามชาวบ้านลงไปอาบน้ำ (น้ำมนต์) ที่ท่าวัดด้วยอาการไม่ขวยเขินหรือกระดากอาย แต่ประการใด เมื่อท่านกลับไปนครปฐมเล่าให้ข้าราชการด้วยกัน ฟังว่ารู้สึกเหนียมเหมือนกันที่ตนเป็นผู้ใหญ่แต่ต้องไป อาบน้ำปะปนกับชาวบ้านแต่หลังจากนั้นไม่นานนักท่านได้เลื่อนเป็นเทศาภิบาลและย้ายไปอยู่มณฑลนครสวรรค์อย่างคาดไม่ถึง
พระเณรที่ประพฤติผิดวินัย ท่านทราบเองโดยไม่มีใครบอกท่าน ต่อมาท่านเห็นว่าไม่ดี จึงเรียกพระเณรที่ทำผิดพระวินัยให้พยายามทำตนให้ประพฤติชอบ ทำให้พระและเณรทั้งวัดไม่กล้าประพฤติไม่ดีต่อไปอีก แม้แต่ลับหลัง
หลวงพ่อเป็น ผู้ที่มีความ เมตตา ต่อสัตว์เลี้ยง ท่านเลี้ยงแมว, สุนัข, ไก่, แม้กระทั่งงูเห่าก็เลี้ยงไว้ ในกุฏิของท่านจึงเต็มไปแล้วมูลสัตว์ต่างๆ งูเห่ามีอยู่สองตัว ตัวใหญ่หายไปนานแล้ว แต่ก่อนมันจะหายไปมันมาลาท่านด้วยการชูหัวแผ่แม่เบี้ยคำนับอยู่ ๓ ครั้ง ตั้งแต่นั้นมันก็หายไป ส่วนตัวเล็กหายไปหลังจากหลวงพ่อมรณภาพแล้ว
กิจวัตรประจำวันของท่านระหว่างเข้าพรรษา ท่านจะตื่นแต่เช้ามืดยังไม่ทันมีแสงเงินแสงทอง ครองจีวรแล้วปลงอาบัติเพื่อความบริสุทธิ์ของวันต่อไปทุกๆ เช้ามือ เสร็จแล้วนั่งสนทนากับภิกษุในวัดเป็นการอบรมไปในตัวพอได้อรุณจึงออกไปบิณฑบาต ต่อมาในระยะหลังๆ ท่านไม่ค่อยได้ออกไปบิณฑบาตเพราะชราภาพมากแล้ว ในขณะที่ท่านไปส้วมจะมีขันน้ำและข้าวสารไปด้วย โปรยข้าวสารไปตลอดทางจนถึงส้วมเพื่อให้ไก่กิน ออกจากส้วมกลับมาตามทางเดินโปรยข้าวสารที่เหลือให้ไก่กินจนหมด
อาหารที่ท่านชอบเป็นพิเศษ คือ เปลือกแตงโมต้มปลาเจ่าแล้วในน้ำตาล ปกติการปรุงรสค่อนข้าวหวานแระเปรี้ยวเป็นส่วนมาก เช่นขนมจีนท่านชอบใส่น้ำเชื่อมลงไปด้วย
ตอนบ่ายท่านจะลงไป รับแขกที่กุฏิเล็กซึ่งทานสร้างขึ้นเพื่อนั่งวิปัสสนา ตอนเย็นเป็นธุระในเรื่องสัตว์เลี้ยง ตอนค่ำทำวัตรเสร็จแล้วนั่งสนทนากับพระลูกวัดจนกระทั่ง เวลาสามทุ่มจึงเข้าจำวัดหลวงพ่อเนียม สร้างพระเครื่องไว้หลายพิมพ์ด้วยกัน มีผู้เล่าว่าตอนต้นท่านสร้างพระเครื่องดินเผา แต่เนื้อที่เผาไม่แกร่งพอ ท่านจึงไม่แจกให้แก่ผู้ใดเลยแม้แต่องค์เดียว ในวงการพระเครื่องจึงไม่รู้จักพระเครื่อง เนื้อดินเผาของท่าน ส่วนมากเท่าที่รู้จักกันคือพระเนื้อชินตะกั่วผสมปรอท ท่านสร้างไว้หลายพิมพ์โดยเอาพระเก่าๆ มาทำแม่พิมพ์ เท่าที่รู้จักกันแพร่หลาย คือ
๑. พระงบน้ำอ้อย ๒.พระพิมพ์ลำพูน เกศยาว ๓.พระพิมพ์ลำพูน เศียรโล้น ๔.พระปรุหนัง ต่อมาปรากฏว่าพบพิมพ์พระเจ้าห้าพระองค์เพิ่มขึ้นอีก บางท่านว่าพระปิดตาก็มี แต่ทว่ามีจำนวนน้อย แทบจะไม่มีใครรู้จักเลย
การทำปรอทให้แข็งในสมัยโน้นไม่ใช่ของง่ายนัก ว่ากันว่าต้องใช้คาถาอาคม ทั้งต้องทำในฤดูฝนฤดูเดียวเท่านั้น เพราะพืชบางอย่าง เช่น ใบแตงหนู ซึ่งขึ้นในท้องนา จะขึ้นในฤดูฝน ส่วนผสมต่างๆ มีใบสลอด, ข้าวสุกหลวงพ่อท่านเอาของสามอย่างมาโขลกปนกันเพื่อไล่ขี้ปรอทออกให้หมด ทั้งนี้เพื่อให้ได้ปรอทขาวที่สุด
การโขลกจะต้องโขลกและกวนอยู่ถึง ๗ วัน จึงจะเข้ากัน พอครบ ๗ วันเอาไปตากแดดเสร็จแล้วนำเอาไปกวนต่อจนเข้ากันดี จึงทำการแยกชั่งเป็นส่วนๆ ส่วนละหนึ่งบาทต่อจากนั้นเอาไปใส่ครกหิน เติมกำมะถันและจุนสีโขลกตำให้เข้ากัน โดยใช้เวลาทำตอนกลางคืนเท่านั้น ทำเช่นนั้นอยู่ ๓ คืนจึงเอาปรอทใส่ลงไปในกระปุกเหล้าเกาเหลียง ผสมกับตะกั่วเอาเข้าไฟสุมอยู่ถึง ๗ วัน บางครั้งอุณหภูมิ สูงจัด กระปุกเหล้าเกาเหลียงแตกเสียหายก็มี การสุมไฟสุมเฉพาะเวลากลางวัน ส่วนเวลากลางคืนทำพิธีปลุกเสกด้วยคาถาอาคม พอครบ ๗ ไฟเทลงในแม่พิมพ์จึงจะได้พระตามที่ต้องการ
หลวงพ่อเนียมมรณภาพเมื่ออายุ ๘๐ ปี โดยมรณภาพในลักษณะเหมือนพระปางไสยาสน์ นับเป็นพระสงฆ์องค์แรกของเมืองไทยที่มีการมรณภาพเช่นนี้ หลังจากการฌาปนกิจเสร็จแล้วชาวบ้านแย่งกันเก็บอัฐิของท่านเอาไปไว้บูชากันอย่างอลหม่าน