หลวงปู่เล็ก เมื่อท่านบวชแล้ว ก็ได้จำพรรษาอยู่ ๕ ปี กับ (หลวงพ่ออ่ำ วัดตลุก) ท่านศึกษาวิชาจากหลวงพ่ออ่ำ พระอาจารย์ของท่าน เป็นพระผู้ทรงคุณวิเศษเรื่องเวทย์อภิญญา สำเร็จวิชาธาตุ ทั้ง ๔ คือ ดิน น้ำ ลม ไฟ สามารถเปลี่ยนธาตุต่างๆได้ จากดินเป็นน้ำเป็นลมหรือไฟก็ได้
หลวงปู่เล็ก อินทสร เป็นพระสุปฏิปันโนองค์หนึ่งแห่งวัดบ้านหนอง ที่ชาวบ้านหนองเลื่อมใสอย่างมาก เมื่อสมัยก่อนที่ท่านจาริกธุดงค์นั้น หลวงปู่เล็กได้ยึดหลักประการแรกคือ ทำตนให้สะอาดบริสุทธิ์ด้วยศีลอย่างเคร่งครัด
ท่านมีบุคลิกและอัธยาศัยสมถะพูดน้อย ถ้าใครไม่ถามท่านจะไม่พูดอะไรเลย ได้แต่นั่งสงบเงียบอยู่ตลอดทั้งวัน ดังนั้นเรื่องพูดโอ้อวดคุณวิเศษของตน จึงเป็นสิ่งที่ท่านไม่ประพฤติเลย ท่านสงบเสงี่ยมเจียมตัว
แต่ความเป็นจริงแล้ว ท่านเป็นพระเกจิอาจารย์ที่เปี่ยมล้น ไปด้วยจิตภูมิธรรมขั้นสูง ทรงคุณระดับขั้นอิทธิอภิญญาณ เป็นที่ประจักษ์รู้เห็น ในหมู่ศิษยานุศิษย์ และผู้มีวาสนาได้ใกล้ชิดกราบไหว้ท่านมาแล้ว เป็นต้นว่า
๑. มีวาจาสิทธิ์ พูดอะไรเป็นเช่นนั้น
๒. มีตาทิพย์
๓. หายตัวได้
๔. ท่านถ่ายรูปไม่ติด
๕. อิทธิวิธี หรือ ทรงฤทธิ์ธุดงค์
วิชา๕ ประการนี้ (หลวงพ่ออ่ำ วัดตลุก) ผู้เป็นอาจารย์ใหญ่ได้ประสิทธิ์ ประสาทให้แก่หลวงปู่เล็กอย่างเต็มภูมิ และท่านยังได้รับการเสริมวิชชามหัศจรรย์ดังกล่าวนี้ให้มีอานุภาพยิ่งขึ้น จากครูบาอาจารย์เถื่อนถ้ำและสำนักสำคัญๆ อีกหลายแห่งจนครบวงจรหรือสมบูรณ์แบบใน “วสีภาวะ”
เรื่องตาทิพย์ของหลวงปู่เล็ก
วันหนึ่ง นายประชา อยู่บ้านหนองใกล้ๆวัด ได้ซื้อแตงโมลูกใหญ่สีเขียวอมดำไปถวายหลวงปู่เล็ก แตงโมพันธุ์นี้คนขายยืนยันว่ามีเนื้อสีแดงแจ๋หวานจ๋อย และได้ผ่าลูกอื่นๆให้คนซื้อกินเห็นชัดๆ ว่าทุกลูกเนื้อแดงหวานกรอบจริง
แต่หลวงปู่เล็กบอกนายประชาว่า แตงโมลูกนี้เนื้อขาวซีดไม่เข้าท่า ซื้อมาทำไม เนื้อขาวซีดไม่หวานกรอบ นายประชาก็เถียงหลวงปู่เล็กว่า เนื้อแดงแน่เพราะซื้อจากเจ้าเดียวกันนี้คนอื่นที่ซื้อผ่าดูก็เห็นเนื้อแดงแจ๋ทุกรายไป และแตงโมลูกนี้ที่เขาซื้อมาแม่ค้าก็ยืนยันว่าเนื้อแดงหวานกรอบแน่นอน ถ้าไม่จริงยินดีรับคืน
ว่าแล้วนายประชาก็ผ่าแตงโมลูกนี้ถวายหลวงปู่เล็ก เมื่อผ่าออกมาก็ต้องตะลึงตาค้าง เพราะเนื้อในแตงโมขาวซีดเหมือนสำลี เหมือนดังที่หลวงปู่เล็กมองเห็นด้วยตาใน หรือทิพย์จักษุญาณ ของท่าน นี้แสดงว่าตาทิพย์ของหลวงปู่เล็กแหลมคมน่าอัศจรรย์จริงๆ
ในด้านวาจาสิทธิ์ ของหลวงปู่เล็ก ได้เกิดขึ้นกับกระทาชายคนหนึ่งชาวบ้านใกล้วัดของท่านชื่อ “ทิดมาก” คว้าแหเดินผ่านวัดจะไปทอดแหหาปลาในที่ของวัด บังเอิญหลวงปู่เล็กเห็นเข้าก็เตือนสติว่า “ไอ้ทิด ปลาวัดมันร้อนเหมือนไฟ เอ็งจะจับเอาปลาวัดไปกินมันก็เป็นบาป ซ้ำแหของเอ็งจะวายวอดหมดจะบอกให้”
ทิดมากหัวเราะขบขัน เรื่องอะไร จะไปเชื่อหลวงตาวัยชรา อันว่าพระสงฆ์องค์เจ้าก็ดีแต่เขียนเสือให้วัวกลัว เทศน์ๆสอนๆ ให้แต่ชาวบ้านกลัวนรก และเอาสวรรค์เข้าล่อ ซ้ำยังเตือนให้นึกถึงแต่ความต า ย วันละร้อยหนพันหน ไม่ประมาทซึ่งตรงกันข้ามกับพวกพ่อค้าพูดคุยกันแต่เรื่องควา มร่ำรวย
วันนั้นทิดมากทอดแหจับเอาปลาในวัดตัวโตๆได้เกือบเต็มข้อง พอถึงบ้านก็ทั้งต้มทั้งแกงและย่างไฟจิ้มแจ่วล่อกันพุงกางทั้งครอบครัวปลาวัดมันช่างเนื้อนุ่มหวานมันอย่าบอกใคร วันรุ่งขึ้นทิดมากตื่นนอนขึ้นมากก็รู้สึกร้อนอกร้อนใจอย่างไรพิกล จะว่าท้องไส้วิปริตเพราะอาหารเป็นพิษก็ไม่ใช่ มันหงุดหงิดขุ่นมัววิตกกังวลอะไรก็ไม่รู้จึงเดินถอนหายใจเฮือกๆออกมาหยุดยืนที่นอกชานแหงนหน้าขึ้นฟ้าสูดเอาอากาศโล่งๆเข้าปอดเป็นการขับไล่อารมณ์เครียด
หลวงปู่เล็ก วัดบ้านหนอง ได้เคยเอ่ยกับลูกศิษย์ใกล้ชิดคนหนึ่งว่าปลัดขิก ถ้าเป็นของดีจริงต้องวิ่งได้ ว่ายน้ำได้ ถ้าจับปลัดขิกใส่บาตรมันจะวิ่งเลาะขอบบาตรดังแกรกๆจะออกไปเที่ยว
ศิษย์คนนั้นไม่เชื่อจะเป็นไปได้ หลวงปู่เล็กมีเมตตาแสดงให้ดู โดยให้ศิษย์รายนี้เอาบาตรใส่น้ำจ นเต็มหลังจากนั้นหลวงปู่เล็กท่านก็เอาปลัดขิกที่ท่านปลุกเสกแล้วใส่ลงไป ปรากฏมหัศจรรย์ ปลัดขิกตัวนั้นวิ่งแหวกน้ำในบาตรไปรอบๆ ราวกับมังกรตาเดียวที่มีชีวิตจิตใจ ทำเอาศิษย์ถึงกับผงะตาค้าง
นับตั้งแต่นั้นมาศิษย์รายนี้ก็เชื่อมั่นว่าปลัดขิกที่หลวงปู่เล็ก ทำก ารปลุกเสกมาตลอดพรรษามีอภินิหารจริงๆปราศจากข้อสงสัย
หลวงปู่เล็ก นับว่าเป็นพระที่อาวุโสองค์หนึ่ง ของชาวจังหวัดชัยนาท ที่น่าเคารพนับถือ และกราบไหว้ ท่านไม่เคยคุยโม้โอ้อวด ไม่ถือชั้นวรรณะ ท่านมีเมตตา และสันโดษ มีคนเดินทางไปกราบสรีระท่านเสมอ ทั้งใกล้และไกล คนแถวบ้านหนองทราบกันดีว่า “ปากท่านศักดิ์สิทธิ์” แม้แต่ชานหมากของท่าน ยังมีผู้นำไปบูชาติดตัว พุทธคุณในวัตถุมงคล ของท่านที่ปลุกเสก ลูกศิษย์ทั่วไปต่างกราบและ ประจักษ์กันดีว่า พุทธคุณดีเด่นครบทุกด้านเป็นอย่างไร
เวลาท่านปลุกเสกพระ บางคนจะเห็น ลำแสงพวยพุงวิ่งไปตามสายสินธ์เลยทีเดียว ชานหมากของท่านเรียกว่าไม่มีได้พบเห็น เพราะศิษย์ต่างเก็บกันหมด ไม่มีให้เห็นกันเลย ท่านเป็นพระที่ถือธุดงค์ เป็นอาจิณ
แม้ตอนที่ท่านอาพาธอยู่ ท่านก็ไม่ละทิ้งธุดงค์ และท่านมีความเมตตาต่อลูกศิษย์ทุกคนที่ไปหา แม้ร่างกายจะไม่ไหวแล้ว แต่หากต้องการให้ท่านได้ช่วยเป่ากระหม่อมให้ ท่านก็ทำให้ ถึงแม้จะนอนอยู่ก็ตามที
วัตถุมงคลของท่านปัจจุบันเริ่มหาชมยากแล้ว เนื่องจากคนมีก็หวงแหนและเก็บหมด เพราะเชื่อมั่นในพุทธคุณและความเข้มขลังในองค์พระที่ท่านปลุกเสก หลายๆคนบอกว่ามีพระเครื่องของท่านแล้ว สบายใจ ทำการค้าขาย ก็เจริญรุ่งเรืองดี ไม่ติดขัด ยิ่งเก็บมาก ก็ยิ่งมีทรัพย์มาก ว่ากันอย่างนั้น
ลวงปู่เล็ก เมื่อท่านจะชราภาพ อายุถึง 97ปี แต่ท่านก็ยังมีความจำดี ไม่เสื่อมคลาย ท่านยังปลุกเสกวัตถุมงคลได้ จนกระทั่งปลายปี พ.ศ.๒๕๓๔
หลวงปู่เล็กได้อาพาธหนักได้เข้ารักษาตัวที่รพ.ชัยนาท (ปัจจุบันเปลี่ยนชื่อเป็นรพ.ชัยนาทนเรนทร) จนกระทั่งเข้ารักษาตัวในห้องไอซียู จนถึงเมื่อวันที่ ๑๒ มกราคม พ.ศ.๒๕๓๕ หลวงปู่เล็กท่านได้ละสังขาร มรณภาพจากไปอย่างสงบ ท่ามกลางความเสียใจของศิษย์และชาวบ้านหนอง ตลอดจนชาวชัยนาท ได้มาร่วมงานศพของหลวงปู่เล็กกันมากมาย
ทางวัดได้ตั้งสวดพระอภิธรรม แต่เมื่อตั้งศพสวดพระอภิธรรมนานๆเข้าได้สังเกตุเห็นร่างของหลวงปู่เล็ก ไม่เน่าเปื่อยไปตามกาลเวลา ทางวัดจึงปรึกษาหารือกัน สรุปว่าเก็บร่างหลวงปู่เล็กไว้ในโลงแก้วเพื่อให้ศิษย์และประชาชนทั่วไปมากราบไหว้ (หลวงปู่เล็ก อินทสร) จนถึงปัจจุบัน